商业保函的定义：是由除银行以外的，实力雄厚的商业机构出具的保函，一般多为专业担保公司开具的公司保函,是商业机构信用担保。
商业保函包括：工程担保公司出具的投标保函，履约保函，预付款保函，质量保函，农民工工资支付保函，即为商业保函。
首先，商业保函与银行保函明显的区别是担保的筹码和承担人的不同：银行保函是以银行信用为担保，承担人是银行。而商业保函是以商业机构信用为担保，承担人是商业机构。
除此之外，商业保函和银行保函的本质上还有这些区别：
1、银行保函由银行出具的保函，属于银行信用;商业保函是由担保公司或相关金融机构出具的保函，属于商业信用。
2、银行保函多用于国际贸易，用于国际担保业务。而担保公司保函多用于国内公司。
3、商业保函相比较银行保函资料简单，办理速度快，费用更低。
4、商业保函格式条款等更加灵活，银行保函格式相对固定不易修改。
5、商业保函可以修改保函开具日期，银行保函不接受修改。
6、银行保函对申请人资质要求高。其中三级资质履约保函、纯采购项目履约保函、民工工资保函、质量保修保函，银行在出具银行保函过程中，要求缴纳保证金。担保公司保函和银行保函起到的法律效力相同，相同条件下，商业保函费用便宜，更加快捷灵活。
另外，商业保函和银行保函办理要求有这些区别：
1 商业投标保函仅需招标文件电子版和营业执照扫描件，出函速度高于银行保函。
2 商业履约保函，预付款保函，质量保函，和农民工工资支付保函等，一般免收取保证金，只收取担保费，且收费极低于银行保函，因此，在能同时使用银行保函和商业保函的情况下，大家都优先选择商业保函。
简单说来，商业保函实际上与银行保函是同样的性质，区别只是一个是银行出具的叫银行保函，一个是担保公司出具的就叫商业保函，但具备同样的法律效益，只是出具保函对象的区别。
银行保函的特点
1、保函依据商务合同开出，但又不依附于商务合同，具有独立法律效力。当受益人在保函项下合理索赔时，担保银行就必须承担付款责任，而不论委托人是否同意付款，也不管合同履行的实际事实。即保函是独立的承诺并且基本上是单证化的交易业务。
2、以银行信用作为保证，易于为合同双方接受。银行保函业务中涉及到的主要当事人有三个：委托人、受益人和担保银行，此外，往往还有反担保人、通知行及保兑行等。
银行保函的种类
根据保函的业务用途不同，在工程领域，目前保函主要包括投标保函、履约保函、预付款保函、支付保函、质量保函、农民工工资支付保函等业务品种。
1、投标保函：保证人在投标人投标之前，向招标人出具投标保函，保证投标人按照招标文件的规定参加招标活动，并在中标后及时与招标人签订相关工程合同，同时提供招标人所要求的履约、预付款等保函。如果投标人违约，则保证人将在保函金额内赔付招标人的损失。
2、履约保函：是由担保人为施工方(申请人)向业主(受益人)提供的，保证施工方履行工程建设合同规定的相关责任和义务的保函。如果承包商不履行合同，业主可要求保证人在保函金额内承担保证责任。保证人在承担保证责任后，可依法向承包商追偿。担保公司提供的履约保函一般为有条件的保函，即在业主提出索赔时必须提供承包商违约的证明，保证人核实后才承担保证责任。履约保证担保也可以适用于分包合同、材料设备供货合同的履行。
3、预付款保函：是指担保人（保证人）根据申请人（合同中的施工方）的要求向受益人（合同中的发包方）开立的，保证一旦申请人未能履约，或者未能全部履约，将在收到受益人提出的索赔后向其返还该预付款的书面保证承诺。
4、质量保函：是保证人为申请人在保修期内按合同的约定履行保修义务，而向受益人提供的书面担保。若非受益人或不可抗力的原因，申请人没有按照合同的约定履行保修义务的，受益人有权要求保证人代为履行合同义务或赔偿损失。
5、支付保函：是应业主（买方）申请，向施工方（卖方）提供保证担保，在施工方（卖方）按合同正常提供货物、相关服务或完成约定工程量后，如业主(买方)不按约定支付合同款项，则担保方接到施工方（卖方）索赔通知后代为支付相应款项。
国际担保业务中银行使用的绝大多数为见索即付保函，见索即付保函一经开立，银行将成为付款人，承担很大的风险。因此，为降低风险，银行在开立见索即付保函时应注意以下问题：
⑴保函应将赔付条件具体化，应有具体担保金额、受益人、委托人、保函有效期限等。
⑵银行应要求委托人提供相应的反担保或提供一定数量的保证金，银行在保证金的额度内出具保函。
⑶银行向境外受益人出具保函，属对外担保，还必须注意诸如报经外汇管理局批准等对外担保的法律规定。
⑷银行开立保函，还应该对基础合同的真实性进行认真审核，以防诈骗。
国内的银行做国内业务时大多采用的是从属性保函。从属性保函是担保人在保函中对受益人的索赔及对该索赔的受理设置了若干条件的限制，保留有一定的抗辩权利，只有在一定的条件得到满足之后，担保银行才予以受理、付款。因此，在从属性保函中，除需要注意以上四点外，怎样在索赔条款中设立条件更成为保函内容的重点。